黃菊內(nèi)幕
輿論普遍認為黃菊主政上海期間，在房地產(chǎn)商周正毅壟斷市場、強占居民土地等不法行為中扮演了重要角色。周正毅案中涉及的野蠻拆遷等行為曾在當?shù)匾饦O大公憤。周正毅最終因“操縱證券交易價格、虛報注冊資本”被判三年有期徒刑據(jù)稱是由于法院受到了來自黃菊的壓力。另據(jù)律師鄭恩寵透露，黃菊在升任中央政治局常委后仍力挺接手上海的陳良宇、韓正等打壓揭發(fā)周正毅的群眾，阻撓對周案的深入調(diào)查。另外，有關黃菊妻子余慧文參與了挪用上海30億元社會保險基金的傳聞也令黃菊的聲譽受到打擊。黃菊之女黃凡于1995年嫁給旅美臺灣報人方大川之子方以偉，這在當時也令他備受指責。
有消息稱，2006年黃菊因為牽扯到原上海市委書記陳良宇案而被調(diào)查，不過由于當時他被診斷出患有胰腺癌，因此中共中央就對其減少了曝光度。最終黃菊未等到陳良宇宣判便已不治病逝。逝世之后，中共官方訃告仍給予其高度的評價，稱其為“中國共產(chǎn)黨的優(yōu)秀黨員、忠誠的共產(chǎn)主義戰(zhàn)士、黨和國家的卓越領導人”，并充分肯定了其在上海的政績。
黃菊內(nèi)幕
2006年3月中國舉行“兩會（全國人大和全國政協(xié)年會）”期間，官方發(fā)言人吳建民首次證實黃菊住院治療，但同時強調(diào)黃菊“正在康復中”。今年3月“兩會”期間，吳建民拒絕回答媒體有關黃菊病情的詢問。
九月二十六日，中央政治局常委會召開了組織生活會議，黃菊在會上作了自我批評并提出請辭政治局常委、委員、中央委員、國務院副總理的職務。對黃菊的請辭，政治局常委會意見分歧。
根據(jù)中央政治局在二00二年十二月七日第四次會議上通過的決議：政治局常委會、政治局每月召開一次黨組織生活會議，會議宗旨：交流思想工作和展開批評和自我批評，一般都安排在月初或月下旬。
黃菊自我批評說：近日，邦國同志、慶紅同志和我作了多次交心談話，使我深深感到自己的過失和失責，給老書記（江澤民）、老市長（朱镕基），給上海市委、市政府帶來了沉重的政治壓力和后遺癥，萬分沉痛。中紀委吳官正同志代表中央政治局、中紀委，就若干上海市委、市http://www.wmxa.cn/政府主要負責人的情況及本人配偶、親屬在金融、經(jīng)濟領域的表現(xiàn)，和我交換意見，我也作了初步的闡述和解釋。由于政治環(huán)境、人事等多方面復雜因素，經(jīng)多翻思考，作出抉擇，請中央政治局常委會、政治局，接受本人辭去政治局常委、委員、中央委員、國務院副總理等黨內(nèi)外職務，返家鄉(xiāng)（浙江省嘉善）休養(yǎng)。
黃菊在提交的請辭報告中，列出了三點理由：（一）健康狀況，需要長期休養(yǎng)配合醫(yī)治，病情趨向反復：（二）從上海市委陳良宇同志的問題的披露，涉及到金融、經(jīng)濟違法活動，涉及到組織人事上的嚴重失職、瀆職，也涉及到我本人在上海主持工作期間的責任；（三）陳良宇等同志事件公開化后，本人深受政治上的壓力，工作展開會困難，而且會給中央領導集體班子的聲譽造成影響。
上海市委陳良宇一伙出事后，市委、市政府、市人大、市紀委的干部，紛紛都向中央政治局、中紀委提出：誰破格重用陳良宇？誰一再包庇陳良宇的劣跡？誰做陳良宇后臺在滬搞官僚階層操控上海金融、國土、工程？誰縱容上海市委搞“獨立王國”？矛頭直指黃菊。
黃菊檢查五大過失，強調(diào)他在九四年中至二00二年主持上海工作期間，（一）忽視了抓黨的建設和班子的政治思想建設、精神文明建設，在成績面前沾沾自喜，滋長驕氣，助長了大上海主義蔓延，和各地方的關系長期緊張；（二）在使用、晉升干部上，只看表面、看個人私交，形成任人唯親的風氣；（三）有舉報，九四年中接任市委書記后，從原機電局提拔了三十一名科、處級干部到市委、市政府擔任組織、宣傳、人事、市委辦等要職，二00二年十一月，到京任職后，從上海調(diào)入八人到京，其中有二人被中組部退回，原因是有組織結論：不能重用；（四）對于班子內(nèi)部宗派主義、小山頭主義的活動，沒有嚴肅、認真對待，導致黨內(nèi)生活不正常，派生出不少問題；（五）對于親屬在經(jīng)濟、金融領域中享有非法、不正常的特權利益，沒有認真對待和處理。
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